Η πρώτη «γυναικολογική εξέταση» πρέπει να γίνεται μέσα στην Αίθουσα Τοκετών, αμέσως μετά τη γέννηση ενός κοριτσιού. Ο Μαιευτήρας και ο Παιδίατρος είναι οι πρώτοι ιατροί που έρχονται σε επαφή με το νεογέννητο κορίτσι. Επομένως, είναι και οι πρώτοι υπεύθυνοι για την πρώτη εξέτασή του.
Η εξέταση στο νεογέννητο δεν έχει τον ίδιο σκοπό και την ίδια έκταση με αυτή που γίνεται στις ενήλικες, αλλά έχει σκοπό την επιβεβαίωση του φύλου του παιδιού και την εξέταση για ανωμαλίες στα έξω γεννητικά όργανα. Κάθε παθολογικό σημείο (ανωμαλίες της κλειτορίδας, των χειλέων ή του κόλπου) θα αποτελέσει αιτία για πιο ενδελεχή διερεύνηση.
Προβλήματα παρθενικού υμένα στο νεογνό
Φυσιολογικά, υπάρχει ένα άνοιγμα στον παρθενικό υμένα, με σκοπό να αποβάλλεται το αίμα της περιόδου, πριν η γυναίκα ξεκινήσει τις σεξουαλικές επαφές, οπότε και ο υμένας θα ραγεί οριστικά. Ο έλεγχος του παρθενικού υμένα, δεν παρουσιάζει καμία δυσκολία για έναν εξειδικευμένο Παιδογυναικολόγο. Σκοπός είναι να διαπιστωθεί ότι υπάρχει αυτό το κατάλληλο άνοιγμα. Έτσι, η ατρησία του παρθενικού υμένα (όταν ο παρθενικός υμένας είναι τελείως κλειστός) αποκαλύπτεται και αντιμετωπίζεται. Με την έγκαιρη διάγνωση κι επέμβαση στην ηλικία αυτή, αποφεύγονται καταστάσεις, όπως ο υδρόκολπος ή βλεννόκολπος και ο αιματόκολπος. Στις περιπτώσεις αυτές, εκκρίσεις, βλέννες ή αργότερα το αίμα της περιόδου, που δεν μπορούν να «βγουν», συσσωρεύονται προκαλώντας πόνους και μειώνοντας τη μελλοντική γονιμότητα της γυναίκας. 
Ο δίθυρος παρθενικός υμένας, δηλαδή υμένας με δύο ανοίγματα αντί για ένα, είναι ένα άλλο από τα πιθανά προβλήματα που ανακαλύπτονται με την παιδογυναικολογική εξέταση του νεογνού. Η ανωμαλία αυτή μπορεί να αποτελεί απλά μια φυσιολογική παραλλαγή, χωρίς παθολογική σημασία, αλλά μπορεί και να κρύβει κάποια σημαντικότερη ανωμαλία, καθώς συνδυάζεται μερικές φορές με διπλό κόλπο.
Προβλήματα του κόλπου στα νεογνά
Η ατρησία του παρθενικού υμένα πρέπει να ξεχωρίζεται από την απλασία ή αγενεσία (απουσία) του κόλπου. Στις περιπτώσεις αυτές εκ γενετής δεν υπάρχουν κόλπος και μήτρα, λόγω κάποιων γενετικών και περιβαλλοντικών παραγόντων.
Σύμμυση χειλέων αιδοίου
Άλλη ανωμαλία που μπορεί να παρατηρηθεί στα μωρά και πρέπει να αναγνωρίζεται και να ξεχωρίζεται από την ατρησία είναι η σύμμυση (κλείσιμο από συνένωση) των χειλέων του αιδοίου, που είναι δυνατόν να παρατηρηθεί αργότερα στο νεογνό. Η σύμμυση συνήθως οφείλεται σε μικρόβια που δημιουργούν κατάλληλες συνθήκες για να κολλήσει και να κλείσει το δέρμα στην είσοδο του κόλπου. Η διάκριση μεταξύ των τριών αυτών καταστάσεων δεν παρουσιάζει δυσκολίες, αν ο εξετάζων έχει την κατάλληλη εμπειρία.
Ανωμαλίες έξω γεννητικών οργάνων στο νεογνό
Η μεγάλη κλειτορίδα συχνά συνοδεύεται κι από άλλες ανωμαλίες των έξω γεννητικών οργάνων. Συνήθως οφείλεται σε μία από τις ακόλουθες αιτίες:
α) σε συγγενή υπερπλασία των επινεφριδίων,
β) σε χορήγηση ορμονών στη μητέρα κατά τη διάρκεια της εγκυμοσύνης και
γ) σε γοναδικές δυσγενεσίες (ερμαφροδιτισμό).
Χρειάζεται πολύ προσεκτικός και άμεσος έλεγχος, καθώς η υπερπλασία των επινεφριδίων μπορεί να βάλει σε κίνδυνο ακόμα και τη ζωή του μωρού. Σε περίπτωση κάποιας άλλης ανωμαλίας μπορεί να γίνει αποκατάσταση σε μεγαλύτερη ηλικία, με πολύ καλά αποτελέσματα.
Άλλες περιοχές γυναικολογικής εξέτασης του νεογνού
Στη συνέχεια, εξετάζεται το στόμιο της ουρήθρας. Σε περίπτωση που τα έξω γεννητικά όργανα είναι αμφιβόλου φύλου, το στόμιο της ουρήθρας δεν βρίσκεται στη φυσιολογική του θέση.
Τέλος, εξετάζονται οι βουβωνικές περιοχές, για την περίπτωση που υπάρχει κάποια ψηλαφητή μάζα, που στο νεογνό μπορεί να οφείλεται στην παρουσία γεννητικού αδένα μέσα στο βουβωνικό πόρο.